Animsa es una empresa pública, cuyo capital social pertenece íntegramente a entidades locales de Navarra. 

130 entidades componen la estructura accionarial de ANIMSA, correspondiéndose con los siguientes tipos y porcentajes:

• 108 Ayuntamientos (93,39%).
• 17 Mancomunidades (6,28%).
• 4 Agrupaciones y 1 Junta Municipal (0,33%).

Cabe destacar que el Ayuntamiento de Pamplona es el accionista mayoritario al poseer el 77,69% del capital social.